Op grond van de projectonderzoeksnota, vermeld in artikel 18, § 1, de adviezen, vermeld in artikel 18, § 2, en de beslissing van de dienst bevoegd voor milieueffectrapportage, vermeld in artikel 18, § 3, wordt een geïntegreerd effectenonderzoek gevoerd.
Het geïntegreerd effectenonderzoek omvat ten minste het ruimtelijke en het milieugerelateerde effectenonderzoek op uitvoeringsniveau.
Als het complexe project, afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten betekenisvolle effecten kan hebben voor een speciale beschermingszone wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor dat gebied, waarbij rekening wordt gehouden met de instandhoudingsdoelstellingen ervan. Die passende beoordeling maakt een als dusdanig herkenbaar onderdeel uit van het milieugerelateerde effectenonderzoek. De resultaten van het milieugerelateerde effectenonderzoek worden vastgelegd in een ontwerp van MER.
Op grond van toepasselijke regelgeving van andere beleidssectoren die relevant zijn bij de beoordeling van een complex project, kunnen andere onderzoeken, dan vermeld in het tweede en derde lid, in het onderzoek op uitvoeringsniveau betrokken worden.