Per bekken wordt een bekkenbestuur en een bekkenraad opgericht.

Het bekkenbestuur richt een bekkensecretariaat op.

Het Vlaamse Gewest stelt per bekken de nodige middelen en het nodige personeel ter beschikking voor de werking van het bekkenbestuur, van het bekkensecretariaat en van de bekkenraad.

Elke provincie, die op basis van haar ligging in een bepaald bekken een wezenlijk deel uitmaakt van dat bekken, stelt ten minste een personeelslid ter beschikking van het bekkensecretariaat en dit ten laste van de eigen begroting.

De Vlaamse minister, belast met de coördinatie en de organisatie van de planning van het integraal waterbeleid, wijst op voordracht van de CIW, per bekken een bekkencoördinator aan. De bekkencoördinator is de secretaris van het bekkenbestuur.

De Vlaamse Regering bepaalt de nadere regels voor de werking van het bekkenbestuur, met inbegrip van de regels voor het aanwezigheidsquorum. Het bekkenbestuur beslist in beginsel bij consensus. Indien geen consensus wordt bereikt, kan de Vlaamse Regering in een bijzondere meerderheid voorzien voor het bekkenbestuur.